全自动菌落计数仪的应用越来越广泛，因为全自动菌落计数仪因其使用的自动化程度高、分析结果可核对、样品信息可留存。如何选型，才能获得性能的菌落计数仪，并取得高性价比呢。这得从该类仪器的原理来解释。现今面市的所有全自动菌落计数仪均是采用成像分析法实现自动计数的，即由【成像硬件+分析软件】所组成，这二块内容的任何一块上出现失分，都会严重影响计数分析结果的稳定性。下面我们来仔细说说成像硬件的选型方法。
成像硬件用于获得清晰有效的菌落图像，以便分析计数。现今的成像硬件有拍照成像、扫描成像。由CMOS加摄像头拍照成像的优点是:成像速度快，能展现培养基表层和深层的细微菌落。确保在0.5秒内获得菌落图像。由单反相机、卡片机拍照成像的优点是:能自动对焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3~4秒的时间。拍照成像的菌落表面颜色、皱折、凹陷较真实。其弱点是:成像环境中的光线强度，无论是暗视野，还是背光，因光照面到平皿中部、边部的距离远近不同，导致平皿面上各点的亮度不一致。若要选购拍照成像的，其分析软件就一定要具有背景矫正功能，以便自动改善成像的效果。扫描成像与拍照灯箱的营造均匀面光源不同，是将线光源通过移动变成面光源的，光线强度相对比较均匀，其均匀度通常比拍照灯箱的面光源要高一个数量级，扫描成像从成像硬件这个根本上解决了菌落目标的亮度不匀问题，然而其在菌落表面颜色的表现上逊于从平皿正面的拍照成像。以300dpi分辨率(3482×2396像素成像)扫描6个90mm直径平皿的速度，暗视野成像约12秒、背光成像约20秒，就其成像速度而言，与单反相机、卡片机拍照成像的速度相当。